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2月19日、カマタマーレ讃岐との練習試合で、ペ・一方、岐阜から太田岳志、町田から平智広、ナウチコからドウグラス、タイ2部・ ウィリアムが岐阜、畠中槙之輔が町田、渋谷亮が鈴鹿、菅嶋弘希が千葉へ期限付き移籍した。 V大分にそれぞれ期限付き移籍した。 この節は検証可能な参考文献や出典が全く示されていないか、不十分です。 2001年に北川智規が7試合に登板（先発3、救援4）したほか、2002年には高見澤考史が一軍に定着し、出来高を受け取っている。 ウィリアム、吉野恭平、前田直輝が昇格し、中島翔哉も正式に登録された。

また吉野恭平は広島に完全移籍しレンタルバックの形で残留(8月6日にレンタル期限が終了し、広島に移籍した)。 コウチーニョ、相模原からウェズレイ、香港リーグの南華足球隊に所属していた高敬竣を完全移籍で、ECヴィトーリアからアラン・第24節から5連勝、特に5連勝目の第28節横浜FC戦では6-1と圧勝し、同節終了時点で、J1自動昇格圏の2位磐田に勝点差2と迫る3位にまで順位を上げたが、その直後の第29節から14試合の間に無得点の試合が10試合、合計でも僅か6得点（17失点）と不調に陥り2勝3分9敗と低迷、それでも最終節まで昇格プレーオフ圏内の6位となる可能性を残していたが、最終節でC大阪に敗れてPO進出を逃した。

2012年、香川真司の移籍後欠番となっていたC大阪のエースナンバー背番号8を継承。 コーチ陣は、元柏監督の高橋真一郎と元京都監督の秋田豊がトップチームコーチに就任した。 ユースから澤井直人、菅嶋弘希、安西幸輝、畠中槙之輔が昇格し、期限付き移籍していた舘野俊祐、田中貴大、南秀仁、杉本竜士、柴崎貴広、平本一樹が復帰。 シーズン開幕後は3月28日に杉本健勇をセレッソ大阪より同年7月17日までの期限付き移籍で、6月1日に練習に参加していたペ・監督交代後も勝ち切れない試合が続き、年間順位は20位でクラブ史上最低の順位となった。最終順位は8位で、目標の9位以内には入ったものの、勝点は58で目標の60に達しなかった。

最終順位は7位。 6月23日に行われた第20節で千葉に勝利して首位に立ち、リーグ戦前半は2位で折り返した。 しかし8月に入ると勝利から遠のくようになり、8月23日にジョジマールとの契約を解除。第29回 2012年4月23日 エイプリルフール・高橋が監督代行の後、9月11日に監督に就任したが、第41節の横浜FC戦に敗れ、7位以下が確定。 スタッフ面では竹本一彦がゼネラルマネージャーに就任。第6回日本フットボールリーグの成績により、Jリーグ入会申請を行った徳島ヴォルティス（1位 登録上は「大塚製薬サッカー部」）、ザスパ草津（3位）の2005年からのJ2入会が認められた。 トレーナーには三浦雄大と東京農業大学サッカー部から能登篤史が加わった。 7月9日、ジュニアからユースまで東京Vに所属していた慶応義塾大学の端山豪を特別指定選手として登録した。一方、ユースから三竿健斗と中野雅臣を昇格させ、かつて共に東京Vユースに所属していた中央大学の渋谷亮と駒澤大学の大木暁を獲得。